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Résumé : Si la composition de l’écosystème microbien du fromage commence à être bien décrite dans la littérature, les règles d’assemblage des communautés microbiennes restent encore largement méconnues. En particulier, l’impact des virus sur les communautés microbiennes des fromages n’a jamais été étudié. Dans le cadre du projet Virome Access, nous avons optimisé une méthode d’extraction de particules virales à partir de la surface du fromage et réalisé le premier métagénome viral de cet écosystème, en choisissant l’Epoisses comme modèle. La communauté virale de ce fromage est exclusivement composée de bactériophages. En plus des phages de ferments lactiques, de nombreuses séquences présentant une homologie avec des phages infectant des bactéries non ensemencées mais abondantes sur la surface de l’Epoisses, telles que Pseudoalteromonas, ont été identifiées.

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