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Les sphingolipides sont des composants structuraux essentiels des membranes et des biorégulateurs de nombreux processus intra ou inter cellulaires comme la prolifération, la différenciation, la signalisation et la mort cellulaire. Afin d’identifier précisément les sphingolipides responsables de ces processus cellulaires, nous avons mis en place sur la plateforme une analyse performante de ces lipides.
Les sphingolipides possèdent un squelette de base appelé céramide, obtenu entre un amino alcool à longue chaîne (LCB) (18 atomes de carbone) et un acide gras à longue chaîne (LCAG) (16 à 26 carbones). Chez les plantes, les céramides subissent ensuite de nombreuses réactions enzymatiques (greffage de sucres et/ou de phosphates, hydroxylation, insaturation) pour conduire à une grande diversité de composés regroupés en 4 classes principales, les céramides, les hydroxycéramides, les glucosylcéramides et les glycosyl inositol phosphorylcéramides (GIPC). De plus, des analyses en spectrométrie de masse haute résolution nous ont permis d’identifier d’autres classes  de GIPCs.

Leur grande variété, leur présence en faible quantité dans des matrices parfois complexes rendent leur analyse difficile. Afin d’obtenir la sensibilité et la spécificité nécessaires, elle est effectuée par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse (UPLC/MS/MS) en utilisant le mode d’analyse MRM (Multiple Reaction Monitoring) qui consiste à cibler les molécules que l’on désire analyser, en sélectionnant à la fois l’ion parent et un ion caractéristique obtenu par fragmentation de la molécule. Ainsi, la sélection est faite sur 350 sphingolipides appartenant à 9 classes. A cause du manque d’étalons, la quantification est relative, elle est réalisée par trois étalons internes.
Notre méthode d’analyse permet donc sur peu de matériel de quantifier un grand nombre de sphingolipides dans des végétaux et organes variés.