Nos activités en quelques mots-clés

• Acquisition de connaissances nouvelles sur la dynamique et la diversité microbiennes ;
    
• Étude de l’expression de fonctions d’intérêt technologique par des bactéries et des levures d’affinage ;
     
• Compréhension de l’adaptation des micro-organismes d’affinage à leur environnement.

Finalités de nos travaux : maîtrise des écosystèmes microbiens et de leurs fonctionnalités dans le fromage, contrôle accru du processus d’affinage et développement de marqueurs moléculaires de fonctions biologiques ou organoleptiques.

L’écosystème fromager comme objet d’étude

Niveau de complexité limité (< 10 espèces)     Micro-organismes cultivables et dont les génomes sont séquencés     Fonctionnalités quantifiables (ex: arômes (CSVs), couleur, effet barrière, désacidification, protéolyse, lipolyse)                   De réels enjeux industriels (ex: produits fermentés) et de santé (ex: effet immunomodulateur)

Nos questions de recherche

Quelle est la diversité phylogénétique des flux microbiens de la matière première jusqu'aux produits finis?           Quels sont les déterminants génétiques impliqués dans l'adaptation des micro-organismes à l'habitat?           Quel est l'impact de facteurs abiotiques (réduction du sel, amines biogènes) sur la structure, l'activité des micro-organismes et la productivité globale de l'écosystème?                Quel est le devenir des micro-organismes dans le tube digestif suite à l'ingestion de l'aliment et quelles sont les interactions possibles avec l'hôte?

Projets en cours ou passés

ANR

ALIA ExEco (2010 – 2014) : Etude méta-transcriptomique et biochimique de l’écosystème fromager : pour un contrôle accru de l’EXpression d’un ECOsystème alimentaire complexe.
Coordinateur : Pascal Bonnarme

INRA

AIC EcoBiot (2013 – 2014) : Impact de la composition des matrices laitières sur le comportement de micro-organismes issus d’écosystèmes d'intérêt laitier au cours de la digestion et sur la structuration du microbiote intestinal.
Coordinateur : Daniel Picque

MEM EcoStab (2013 - 2015) : Stabilité et redondance fonctionnelle d'un écosystème microbien.
Coordinateur : Jean-Marie Beckerich

MEM FORTRESS (2015 - 2016) : Impact de la diversité microbienne sur l'effet barrière vis-à-vis de l'implantation d'une espèce exogène.
Coordinateur : Eric Dugat-Bony

MEM MICROFIT (2016 - 2018) : Unraveling the genetic determinants of fitness of a food microorganism in its natural ecosystem by a Tn-seq approach (massive sequencing of transposon insertion libraries).
Coordinateur : Catherine Madzak

MEM VIROME ACCESS (2016 - 2018) : Accessing to virus genomes out of metagenomics data: improving statistical and bio-informatics analytic tools to better assess the contribution of phages on microbial ecosystems.
Coordinateur : Stéphane Chaillou

Contrats industriels

CNIEL Collective data Genome (2011 - 2013) : Catalogue genomique de 150 bactéries fromagères.
Coordinateur : Pierre Renault

Nestlé NESTEC (2011 - 2014) : Biogénération de composés aromatiques soufrés par voie microbienne à partir de végétaux fermentés.
Coordinateur : Pascal Bonnarme

Syndifrais EcoDige (2012 - 2015) : Les flores de l’écosystème fromager survivent-elle à leur digestion et peuvent-elles avoir un effet immuno modulateur sur l’hôte?
Coordinateur : Pascal Bonnarme

FranceAgriMer REDSEL (2014 - 2016) : Réduction / substitution du sel dans le fromage : impact sur le développement de la flore technologique et du potentiel d'implantation de flores d'altération.
Coordinateur : Sébastien Fraud

Doctorats

Vous pouvez consulter les doctorats en cours au sein d'EcoMic ainsi que les doctorats soutenus ces dernières années au GMPA sur les pages dédiées.

Membres

Vous pouvez contacter les membres de l'équipe :

• par téléphone, au  01 30 81 + numéro du poste (visible en cliquant sur le nom de la personne)
• par mail, avec la syntaxe Prénom.Nom[at]inra.fr

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