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Les grands enjeux de l'amélioration des espèces végétales sont l’analyse de la diversité et de l’évolution des gènes et des génomes, la mise en évidence des facteurs contrôlant des caractères d'intérêt agronomique et/ou adaptatif (cartographie génétique de QTL, génétique d’association), la sélection assistée par marqueurs, la sélection génomique.

Des besoins en séquençage et en génotypage très importants découlent de ces projets scientifiques. L'unité INRAE EPGV, Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux US1279, est intégrée depuis 2001 sur le site des 2 grands centres nationaux de séquençage et de génotypage, le GENOSCOPE et le CNRGH, composants actuels de l'Institut de biologie François Jacob (IbFJ) du CEA situés à Evry (91) pour : 

• Développer des protocoles adaptés aux spécificités des espèces végétales (taille des génomes, autogamie, allogamie, large variabilité génétique, polyploïdie,…) en fonction des évolutions technologiques disponibles sur les plateformes du GENOSCOPE et du CNRGH 
• Mettre à la disposition de différentes équipes (INRAE, CIRAD,…) des outils de séquençage et de génotypage à haut débit afin de répondre aux besoins de leurs programmes scientifiques 
• Etablir en collaboration avec les bio-informaticiens les processus et les outils pour l'analyse et la gestion des données de polymorphisme
• Participer au réseau des différentes plateformes de génomique et plus particulièrement de l'infrastructure nationale "France Génomique" dont l’EPGV est partenaire. Depuis 2019 l'EPGV est également l'un des 4 partenaires de l'infrastructure de Recherche INRAE Genomics.

Avec nos 2 équipes Développement Technologique & Production et Informatique & Bio-Informatique, l'unité EPGV répond aux besoins des projets en génomique végétale et environnementale pour l’étude de polymorphismes ponctuels (SNP) et des variations structurales. Nous assurons une veille scientifique et technologique et offrons aux partenaires scientifiques, expertise, maîtrise et réalisation en s’adaptant aux évolutions technologiques. 

L'unité EPGV est partenaire de nombreux programmes scientifiques nationaux et européens tels que les projets d'Investissements d'avenir (BreedWheat, Amaizing, Sunrise) auxquels participent les principales entreprises semencières françaises et le projet européen H2020 B4EST.