En savoir plus

12:45

Accueil des participants

13:30

Ouverture du Colloque

Marie-Christine Le Paslier – INRA EPGV, Evry

Session I – Avancées technologiques & Retours d'expérience

13:45

Panorama Génotypage

Aurélie Bérard – INRA EPGV, Evry

14:00

Technologie de séquençage et cellules de flux: les récentes avancées techniques en place au Genoscope

Arnaud Lemainque – CEA-IbFJ/Génoscope, Evry

14:20

Etude  de l'efficacité de l'utilisation de l'eau chez le chêne à l'aide du TruSeq Genotyping NE

Isabelle Lesur Kupin– HelixVenture, Bordeaux
Franck Salin – PGTB, Bordeaux

14:40

Deciphering species-level phylogenetic relationships in the evolutionary complex genus Rosa using an amplicon-sequencing approach

Kévin Debray – INRA IRHS , Angers

15:00

Barcoding pour étudier les forces sélection/dérive génétique chez les populations  de puceron

Nathalie Boissot – INRA GAFL, Avignon

15:20

Discussion générale

15:40

Pause

16:00

Oxford Nanopore Technologies (ONT) sur PGTB

Implementation and Evaluation of Oxford Nanopore Technologies at GeT-PlaGe

Franck Salin – PGTB, Bordeaux

Camille Eche  – INRA GeT-PlaGe, Toulouse

16:20

PacBio Sequel : derniers développements et perspectives

Michaela West– INRA Gentyane, Clermont Ferrand

16:40

10X Chromium synthetic long reads : principe et analyse

Implementation and evaluation of 10X Genomics Chromium technology

Corinne Cruaud  – CEA-IbFJ/Génoscope, Evry
Benjamin Istace – CEA-IbFJ/Génoscope, Evry
Adrien Castinel  – INRA GeT-PlaGe, Toulouse

17:10

Capturer de grands fragments d'ADN avec l'outil CrispR-Cas9 pour mieux comprendre le génome des plantes

Carine Satgé  – INRA CNRGV, Toulouse

17:30

Discussion générale

17:50

Autour de l'apéritif

Dîner libre 

9:00

Accueil des participants

9:20

Panorama PF France Génomique et contexte national

Patrick Wincker – CEA-IbFJ/Génoscope, Evry

Session I – Avancées technologiques & Retours d'expérience (suite)

9:40

Analyser la complexité des génomes de plantes en utilisant les cartes optiques 

William Marande – INRA CNRGV, Toulouse

10:00

Assemblage de novo avec les technologies ONT et Bionano Genomics: l’exemple Brassica

Erwan Denis –  CEA-IbFJ/Génoscope, Evry
Cyril Falentin - INRA IGEPP Rennes

10:20

Discussion générale

10:40

Pause 

11:00

Estimation de la dépression de consanguinité dans une population de faible effectif à partir des Runs Of Homozygosity : le cas du Mérinos de Rambouillet

Anna-Charlotte Doublet - AgroParisTech, Paris

Session II - Bioanalyse & Retours d'expérience

11:25

Introduction 

Patricia Faivre Rampant– INRA EPGV, Evry

11:35

De novo sequencing and assembly of eukaryotic genomes using nanopore long reads

Jean-Marc Aury – CEA-IbFJ/Génoscope, Evry

11:55

Une séquence de référence du génome hautement polyploïde de canne à sucre

Olivier Garsmeur – CIRAD, Montpellier

12:15

Assemblage diploïde du génome de Muscadinia rotundifolia cv Regale

Amandine Velt – INRA SVQV, Colmar

12:35

Discussion générale 

13:00

Déjeuner

14:15

Visite Genoscope / Echanges

15:30

Une brève histoire des blés modernes

Etienne Paux– INRA GDEC, Clermont Ferrand

Session II - Bioanalyse & Retours d'expérience (suite)

15:55

EuGene : pipeline automatique pour annoter des génomes eucaryotes

Erika Sallet – INRA LIPM, Toulouse

16:15

Annotation of eukaryotic genomes at the Genoscope

Marion Dubarry – CEA-IbFJ/Génoscope, Evry

16:35

An Integrated Information System Dedicated to Oak Genomics and Genetics

Joëlle Anselem – INRA URGI, Versailles 

16:55

Rendre ses données trouvables, accessibles, interopérables et réutilisables (FAIR): contexte et infrastructures

Anne-Françoise Adam-Blondon - INRA URGI, Versailles

17:15

Discussion générale

17:35

Activités pré-dîner

19:30

Dîner Festif

8:45

Accueil des participants

9:00

L'alternative oxydase : rôle dans la tolérance à la sècheresse et la sélection moderne du tournesol

Nicolas Langlade - INRA LIPM, Toulouse

Session II - Bioanalyse & Retours d'expérience (suite)

9:25

BSA-Seq : un bon outil pour dérouiller le peuplier

Aurélie Canaguier – INRA EPGV, Evry

9:45

Design of a high-throughput Present Absent Variation genotyping array in maize: First lessons

Stéphane Nicolas – INRA GQE, Moulon 

10:00

Deciphering the interest of integrating PAV genomic information in genetic analysis by investigating the extent of linkage disequilibrium between 22,381 PAV and 976K SNP

Clément Mabire – INRA GQE, Moulon 

10:25

Discussion 

10:45

Pause

11:05

NRGene - retours d'expérience : Maïs

Johann Joets – INRA GQE, Moulon

11:25

NRGene - retours d'expérience : Peuplier

Patricia Faivre Rampant – INRA EPGV, Evry

11:45

Pan-Génome et intégration de données - Situation et Table ronde

Johann Joets – INRA GQE, Moulon

Philippe Leroy – INRA GDEC/CNRGV, Clermont-Ferrand/Toulouse

12:45

Clôture du Colloque

Marie-Christine Le Paslier – INRA EPGV, Evry

13:00

Déjeuner sur Place ou Paniers Pique-nique