En savoir plus

Notre utilisation de cookies

« Cookies » désigne un ensemble d’informations déposées dans le terminal de l’utilisateur lorsque celui-ci navigue sur un site web. Il s’agit d’un fichier contenant notamment un identifiant sous forme de numéro, le nom du serveur qui l’a déposé et éventuellement une date d’expiration. Grâce aux cookies, des informations sur votre visite, notamment votre langue de prédilection et d'autres paramètres, sont enregistrées sur le site web. Cela peut faciliter votre visite suivante sur ce site et renforcer l'utilité de ce dernier pour vous.

Afin d’améliorer votre expérience, nous utilisons des cookies pour conserver certaines informations de connexion et fournir une navigation sûre, collecter des statistiques en vue d’optimiser les fonctionnalités du site. Afin de voir précisément tous les cookies que nous utilisons, nous vous invitons à télécharger « Ghostery », une extension gratuite pour navigateurs permettant de les détecter et, dans certains cas, de les bloquer.

Ghostery est disponible gratuitement à cette adresse : https://www.ghostery.com/fr/products/

Vous pouvez également consulter le site de la CNIL afin d’apprendre à paramétrer votre navigateur pour contrôler les dépôts de cookies sur votre terminal.

S’agissant des cookies publicitaires déposés par des tiers, vous pouvez également vous connecter au site http://www.youronlinechoices.com/fr/controler-ses-cookies/, proposé par les professionnels de la publicité digitale regroupés au sein de l’association européenne EDAA (European Digital Advertising Alliance). Vous pourrez ainsi refuser ou accepter les cookies utilisés par les adhérents de l'EDAA.

Il est par ailleurs possible de s’opposer à certains cookies tiers directement auprès des éditeurs :

Catégorie de cookie

Moyens de désactivation

Cookies analytiques et de performance

Realytics
Google Analytics
Spoteffects
Optimizely

Cookies de ciblage ou publicitaires

DoubleClick
Mediarithmics

Les différents types de cookies pouvant être utilisés sur nos sites internet sont les suivants :

Cookies obligatoires

Cookies fonctionnels

Cookies sociaux et publicitaires

Ces cookies sont nécessaires au bon fonctionnement du site, ils ne peuvent pas être désactivés. Ils nous sont utiles pour vous fournir une connexion sécuritaire et assurer la disponibilité a minima de notre site internet.

Ces cookies nous permettent d’analyser l’utilisation du site afin de pouvoir en mesurer et en améliorer la performance. Ils nous permettent par exemple de conserver vos informations de connexion et d’afficher de façon plus cohérente les différents modules de notre site.

Ces cookies sont utilisés par des agences de publicité (par exemple Google) et par des réseaux sociaux (par exemple LinkedIn et Facebook) et autorisent notamment le partage des pages sur les réseaux sociaux, la publication de commentaires, la diffusion (sur notre site ou non) de publicités adaptées à vos centres d’intérêt.

Sur nos CMS EZPublish, il s’agit des cookies sessions CAS et PHP et du cookie New Relic pour le monitoring (IP, délais de réponse).

Ces cookies sont supprimés à la fin de la session (déconnexion ou fermeture du navigateur)

Sur nos CMS EZPublish, il s’agit du cookie XiTi pour la mesure d’audience. La société AT Internet est notre sous-traitant et conserve les informations (IP, date et heure de connexion, durée de connexion, pages consultées) 6 mois.

Sur nos CMS EZPublish, il n’y a pas de cookie de ce type.

Pour obtenir plus d’informations concernant les cookies que nous utilisons, vous pouvez vous adresser au Déléguée Informatique et Libertés de l’INRA par email à cil-dpo@inra.fr ou par courrier à :

INRA
24, chemin de Borde Rouge –Auzeville – CS52627
31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

Menu Logo Principal AgroParisTech université Paris-Saclay 3BCAR

ECOSYS Bienvenue

UMR ECOSYS - Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes

Offre_stage_M2_rhizodépôts_EcoSys

Distribution des rhizodépôts suivant l'architecture et le métabolisme des racines

Contexte, enjeux et objectif du stage                                                                                                           

La rhizodéposition, c’est-à-dire le transfert de toute matière organique des systèmes racinaires vers le sol, est de plus en plus perçue comme un processus déterminant pour la séquestration du carbone dans les sols et pour l’adaptation des cultures aux changements globaux (Jones et al. 2009; Sokol et al. 2019). Cependant, l’évolution de la quantité et de la qualité des rhizodépôts (e.g. exsudats, mucilage, cellules de la coiffe) en fonction du stade de croissance d’une espèce donnée ou de la profondeur dans le sol reste encore aujourd’hui très mal comprise, notamment en raison des difficultés méthodologiques liées à la quantification de la rhizodéposition (Oburger and Jones 2018). La modélisation des processus de rhizodéposition à l’échelle d’une plante permettrait de  contourner ces difficultés, mais nécessite de s’appuyer sur une meilleure compréhension des paramètres physiologiques régulant la rhizodéposition.

Ce stage vise à mieux comprendre les déterminismes de la distribution spatiale et temporelle de la rhizodéposition chez différentes espèces cultivées. Partant de l’hypothèse que l’évolution de la rhizodéposition le long des racines et au cours de la vie de la plante dépend à la fois des concentrations locales en métabolites primaires (e.g. sucres, acides organiques, acides aminés) dans les racines, de la morphologie des racines et de leur localisation dans l’espace, ce stage s’articule autour d’une expérimentation de croissance de différentes espèces végétales dans des dispositifs spéciaux (rhizotrons), afin de permettre la collecte régulière de rhizodépôts à différents endroits du système racinaire et d’établir un lien éventuel entre rhizodéposition, concentrations internes en métabolites et positionnement au sein du système racinaire. Les objectifs de cette expérimentation sont multiples :

  1. comparer l’efficacité et la facilité de mise en œuvre de différentes méthodes de collecte et d’analyse de rhizodépôts à partir des plantes cultivées en rhizotrons,
  2. obtenir des données expérimentales fiables sur la distribution spatiale des métabolites le long des racines et celle des rhizodépôts émis, et ce pour quatre espèces végétales cultivées contrastées,
  3. valider les hypothèses de contrôle de la rhizodéposition par le métabolisme et l’architecture racinaire utilisées dans le nouveau modèle de rhizodéposition RhizoDep (Rees et al. in prep.) et calibrer ce modèle pour différentes espèces.

 Contenu du stage                                                                                                                                          

Une expérimentation de croissance sera menée en chambres de cultures climatisées au laboratoire EcoSys, sur quatre espèces cultivées contrastées (blé, maïs, colza, féverole), seules ou en association. Les plantes seront cultivées sur une durée de quelques semaines dans un sol agricole non stérile, dans des rhizotrons plans spécialement conçus afin de permettre à la fois le suivi dynamique de l’architecture racinaire et la collecte des rhizodépôts à la surface des racines visibles, pour 1 à 3 plantes cultivées. Ce dispositif permettra de cibler des endroits clés du système racinaire en fonction du type de racines et de la nature des portions analysées (e.g. apex, poils absorbants, base). Différentes méthodes seront testées pour collecter les rhizodépôts sur une période courte (2-3h) afin de minimiser leur dégradation tout en conservant l’intégrité des racines.

La répartition des métabolites primaires (e.g. glucose, fructose, saccharose, amidon, acides organiques, acides aminés) le long des racines sera mesurée destructivement par prélèvement de portions de racines. Cette répartition des métabolites sera mise en relation avec la distribution spatiale des rhizodépôts, notamment pour vérifier l’hypothèse d’une exsudation de sucres pilotée par leur concentration interne dans la racine (Personeni et al. 2007).

L’évolution de l’architecture racinaire sera suivie à travers la face vitrée des rhizotrons à l’aide du traçage progressif des racines sur un calque transparent et du suivi de leur diamètre. Ce suivi permettra : i) de connaître l’âge et l’ordre racinaire des segments analysés, ii) d’évaluer l’impact des méthodes de collecte de rhizodépôts sur la croissance racinaire (comparaison avec un groupe témoin), iii) de déterminer les paramètres d’architecture racinaire du modèle ArchiSimple (Pagès et al. 2014), utilisé pour simuler la croissance racinaire.

Les données expérimentales acquises serviront à alimenter le modèle de croissance racinaire et de rhizodéposition RhizoDep afin d’estimer l’évolution spatio-temporelle de la rhizodéposition pour chaque plante.

 Compétences recherchées                                                                                                                           

  • Master 2 ou équivalent en Ecophysiologie végétale, Science du Sol ou Sciences agronomiques
  • Première expérience dans la conduite d’expérimentations végétales ; un goût pour l’expérimentation est fortement recommandé
  • Des compétences en modélisation pourront également être mobilisées/développées pendant le stage
  • Autonomie, rigueur
  • Capacité à travailler en équipe
  • Capacité rédactionnelle (français, anglais)
  • Maîtrise des outils statistiques et traitement des données (Excel, R)

 Modalités d’accueil                                                                                                                                       

Le stage se déroulera à INRAE, au sein de l’équipe Ecophysiologie et Physicochimie des Interactions Biosphère- Atmosphère de l’UMR EcoSys. Le/la stagiaire sera encadré(e) par deux chargés de recherche : Frédéric Rees, spécialisé dans la caractérisation des flux de matière organiques des racines vers le sol, et Céline Richard- Molard, spécialisée dans le phénotypage racinaire et la modélisation de l’architecture. Le stage bénéficiera aussi de l’appui de l’équipe technique pour la conduite des expérimentations.

Durée : 5 à 6 mois, démarrage en janvier ou février 2022

Rémunération : 550-600 € par mois

Lieu : UMR EcoSys (INRAE & AgroParisTech), 78850 Thiverval-Grignon. Le laboratoire est situé à 40 minutes en transport en commun de la gare  de  Paris-Montparnasse  (bus  régulier  depuis  la  gare  de  Plaisir-Grignon).  Des logements étudiants sont disponibles sur le campus d’AgroParisTech-Grignon.

Contacts : Frédéric Rees (frederic.rees@inrae.fr), Céline Richard-Molard (celine.richard-molard@inrae.fr)

 Références bibliographiques                                                                                                                        

Jones DL, Nguyen C, Finlay RD (2009) Carbon flow in the rhizosphere: carbon trading at the soil–root interface. Plant Soil 321:5–33. https://doi.org/10.1007/s11104-009-9925-0

Oburger    E,     Jones     DL     (2018)    Sampling     root     exudates     –     Mission     impossible?     Rhizosphere     6:116–133. https://doi.org/10.1016/j.rhisph.2018.06.004

Pagès L, Bécel C, Boukcim H, et al (2014) Calibration and evaluation of ArchiSimple, a simple model of root system architecture. Ecol Model 290:76–84. https://doi.org/10.1016/j.ecolmodel.2013.11.014

Personeni E, Nguyen C, Marchal P, Pagès L (2007) Experimental evaluation of an efflux-influx model of C exudation by individual apical root segments. J Exp Bot 58:2091–2099. https://doi.org/10.1093/jxb/erm065

Rees F, Pradal C, Barillot R, et al (in prep.) RhizoDep: A new functional-structural plant model based on carbon balance for simulating root growth and rhizodeposition

Sokol NW, Kuebbing SE, Karlsen-Ayala E, Bradford MA (2019) Evidence for the primacy of living root inputs, not root or shoot litter, in forming soil organic carbon. New Phytol 221:233–246. https://doi.org/10.1111/nph.15361