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Dernière mise à jour : Mai 2021

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BIOGER

BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes

Frédéric Suffert

photo perso Frédéric Suffert

Ingénieur de Recherche IRHC  |  Ing Agro, PhD, HDR

flag-eng

UR INRAE BIOGER

    

Campus Agro Paris-Saclay, 22 place de l’Agronomie, 91120 Palaiseau, FR  |  Accès

E-mail mon_prénom.mon_nom@inrae.fr  |  Twitter @wheatpath  |  Tél +33 (0)1 89 10 13 32

Présentation

Je suis épidémiologiste en santé végétale à INRAE. Ingénieur agronome de l'ENSAR (Institut Agro Rennes-Angers) spécialisé en protection des cultures, j'ai un doctorat en phytopathologie et une HDR. J'ai travaillé à INRAE Rennes (IGEPP) sur l'épidémiologie des maladies d'origine tellurique. Je travaille depuis 2013 dans l'unité BIOGER localisée depuis 2022 sur le Campus Agro Paris-Saclay à Palaiseau. Je coordonne des recherches sur l'épidémiologie de la septoriose, une des principale maladie du blé. Je m'intéresse aux processus impliqués dans le développement de cette maladie, aux déterminants et aux conséquences de la reproduction sexuée de Zymoseptoria tritici (biologie fongique et écologie des résidus de culture, source d'inoculum primaire), et à la dynamique adaptative des populations pathogènes (profils de virulence et agressivité) dans des environnements hétérogènes (déploiement de résistances dans des associations variétales, fluctuations saisonnières de température et d'humidité). Ancien auditeur de l'Institut des Hautes Études de Défense Nationale (IHEDN), j'aborde également des problématiques de cindynique appliquées à l'épidémiosurveillance et la biosécurité des cultures (ex. veille sur l'agroterrorisme accessible sur la page C&Aw). Je suis membre du comité d'experts Risques Biologiques pour la Santé des Végétaux de l'ANSES et participe ponctuellement à des travaux d'expertise pour INRAE (ex. ESCo INRAE RegulNat relative à l'utilisation de la diversité des couverts végétaux pour réguler les bioagresseurs). Je suis membre du conseil scientifique du département INRAE Santé des Plantes et Environnement (SPE) et de la cellule Veille Sanitaire Internationale (VSI) de la plateforme d'Épidémiosurveillance en Santé Végétale (ESV) d'Avignon. Je suis secrétaire général de la Société Française de Phytopathologie (SFP) depuis 2016, membre de l'Association des Naturalistes de Yvelines (ANY) et éditeur associé de la revue 'Journal of Plant Pathology'.

Références

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Feurtey A, Lorrain C, McDonald MC, Milgate A, Solomon P, Warren R, Puccetti G, Scalliet G, Torriani S, Gout L, Marcel T, Suffert F, Alassimone J, Lipzen A, Yoshinaga Y, Daum C, Barry K, Grigoriev I, Goodwin SB, Genissel A, Seidl MF, Stukenbrock EH, Lebrun M-H, Kema G, McDonald BA, Croll D. 2022. A thousand-genome panel retraces the global spread and climatic adaptation of a major fungal crop pathogen. bioRxiv, non revu par les pairs https://doi.org/10.1101/2022.08.26.505378 [pdf]

 

Rodriguez-Algaba J, Hovmøller MS, Schulz P, Hansen JG, Lezaun JA, Joaquim J, Randazzo B, Czembor P, Zemeca L, Slikova S, Hanzalová A, Holdgate S, Wilderspin S, Mascher F, Suffert F, Leconte M, Flath K, Justesen AF. 2022. Stem rust on barberry species in Europe: Host specificities and genetic diversity. Frontiers in Genetics 13: 988031 https://doi.org/10.3389/fgene.2022.988031 [pdf]

 

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McDonald BA, Suffert F, Bernasconi A, Mikaberidze A. 2022. How large and diverse are field populations of fungal plant pathogens? The case of Zymoseptoria triticiEvolutionary Applications 15: 1360-1373 https://doi.org/10.1111/eva.13434 [pdf]

 

Fontyn C, Zippert A-C, Delestre G, Marcel TC, Suffert F, Goyeau H. 2022. Is virulence phenotype evolution driven exclusively by Lr gene deployment in French Puccinia triticina populations? Plant Pathology 71: 1511-1524 https://doi.org/10.1111/ppa.13599 [pdf]

 

Bernard F, Chelle M, Riahi El Kamel O, Pincebourde S, Sache I, Suffert F. 2022. Daily fluctuations in leaf temperature modulate the development of a foliar pathogen. Agricultural Forest Meteorology 322: 109031 https://doi.org/10.1016/j.agrformet.2022.109031 [pdf]

 

Valade R, Boixel A-L, Meyer K, Suffert F. 2022. 2021, l’odyssée de l’espèce Puccinia graminis f. sp. tritici : retour sur une année exceptionnelle qui pose la question de l’endémicité de la rouille noire du blé en France et incite à maintenir l’effort d’épidémiosurveillance en systèmes céréaliers. Phytoma - La santé des végétaux 754: 45-50 http://www.phytoma-ldv.com/revue-1850-PHYTOMA-754 [pdf]

 

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Orellana-Torrejon C, Vidal T, Saint-Jean S, Suffert F. 2022. The impact of wheat cultivar mixtures on virulence dynamics in Zymoseptoria tritici populations persist after interseason sexual reproduction. Plant Pathology, 71: 1537-1549 https://doi.org/10.1111/ppa.13577 [pdf] [point presse#1] [point presse#2]

 

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Vialatte A, Tibi A, Alignier A, Angeon V, Bedoussac L, Bohan DA, Bougherara D, Carpentier A, Castagneyrol B, Cordeau S, Courtois P, Deguine J-P, Enjalbert J, Fabre F, Féménia F, Fréville H, Goulet F, Grateau R, Grimonprez B, Gross N, Hannachi M, Jeanneret P, Kuhfuss L, Labarthe P, Launay M, Lefebvre M, Lelièvre V, Lemarié S, Martel G, Masson A, Navarrete M, Plantegenest M, Ravigné V, Rusch A, Suffert F, Tapsoba A, Thérond O, Thoyer S, Martinet V. 2022. Promoting crop pest control by plant diversification in agricultural landscapes: a conceptual framework for analysing feedback loops between agro-ecological and socio-economic effects. Advances in Ecological Research 65: 133-165 https://doi.org/10.1016/bs.aecr.2021.10.004 [pdf]

 

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2020

Kerdraon L, Barret M, Balesdent M, Suffert F*, Laval V*. 2020. Impact of a resistance gene against a fungal pathogen on the plant host residue microbiome: the case of the Leptosphaeria maculans-Brassica napus pathosystem. Molecular Plant Pathology 21: 1445-1558 https://doi.org/10.1111/mpp.12994 [pdf] *contribution égale

2019

Kerdraon L, Barret M, Laval V, Suffert F. 2019. Differential dynamics of microbial community networks help identify microorganisms interacting with residue-borne pathogens: the case of Zymoseptoria tritici in wheat. Microbiome 7: 125 https://doi.org/10.1186/s40168-019-0736-0 [pdf]

 

Kerdraon L, Laval V, Suffert F. 2019. Microbiomes and pathogen survival in crop residues, an ecotone between plant and soil. Phytobiomes Journal 3: 246-255 https://doi.org/10.1094/PBIOMES-02-19-0010-RVW [pdf]

 

Kerdraon L, Balesdent M-H, Barret M, Laval V, Suffert F. 2019. Crop residues in wheat-oilseed rape rotation system: a pivotal, shifting platform for microbial meetings. Microbial Ecology 4: 931-945 https://doi.org/10.1007/s00248-019-01340-8 [pdf]

 

Morais D, Duplaix C, Sache I, Laval V, Suffert F*, Walker A-S*. 2019. Overall stability in the genetic structure of a Zymoseptoria tritici population from epidemic to interepidemic stages at a small spatial scale. European Journal of Plant Pathology 154: 423-436 https://doi.org/10.1007/s10658-018-01666-y [pdf] *contribution égale

 

Boixel AL, Delestre G, Legeay J, Chelle M, Suffert F. 2019. Phenotyping thermal responses of yeasts and yeast-like microorganisms at the individual and population levels: proof-of-concept, development and application of an experimental framework to a plant pathogen. Microbial Ecology 78: 42-56 https://doi.org/10.1007/s00248-018-1253-6 [pdf]

2018

Suffert F, Thompson R. 2018. Some reasons why the latent period should not always be considered constant over the course of a plant disease epidemic. Plant Pathology 67: 1831-1840 https://doi.org/10.1111/ppa.12894 [pdf]

 

Suffert F, Delestre G, Gélisse S. 2018. Sexual reproduction in the fungal foliar pathogen Zymoseptoria tritici is driven by antagonistic density-dependence mechanisms. Microbial Ecology 77: 110-123 https://doi.org/10.1007/s00248-018-1211-3 [pdf]

 

Suffert F, Goyeau H, Sache I, Carpentier F, Gélisse S, Morais D, Delestre G. 2018. Epidemiological trade-off between intra- and interannual scales in the evolution of aggressiveness in a local plant pathogen population. Evolutionary Applications 11: 768-780 https://doi.org/10.1111/eva.12588 [pdf]

2017

Soubeyrand S, Garreta V, Monteil C, Suffert F, Goyeau H, Berder J, Berge O, Moinard J, Fournier E, Tharreau D, Morris C, Sache I. 2017. Testing differences between pathogen compositions with small samples and sparse data. Phytopathology 107: 1199-1208 https://doi.org/10.1094/PHYTO-02-17-0070-FI [pdf]

 

Mumford J, Leach AW, Holt J, Suffert F, Sache I, Moignot B, Hamilton RA. 2017. Integrating crop bioterrorism hazards into pest risk assessment tools. In: Gullino ML, Stack J, Fletcher J, Mumford J (Eds.), Practical tools for plant and food biosecurity, Springer, p. 121-142 ISBN 978-3-319-46897-6 [pdf]

 

Suffert F. 2017. Characterization of the threat resulting from plant pathogens use as anti-crop bioweapons: an EU perspective on agroterrorism. In: Gullino ML, Stack J, Fletcher J, Mumford J (Eds.), Practical tools for plant and food biosecurity, Springer, p. 31-60 ISBN 978-3-319-46897-6 [pdf]

2016

Suffert F, Delestre G, Carpentier F, Walker AS, Gazeau G, Gélisse S, Duplaix C. 2016. Fashionably late partners have more fruitful encounters: impact of the timing of co-infection and pathogenicity on sexual reproduction in Zymoseptoria tritici. Fungal Genetics and Biology 92: 40-49 http://dx.doi.org/10.1016/j.fgb.2016.05.004 [pdf]

 

Morais D, Gélisse S, Laval V, Sache I, Suffert F. 2016. Inferring the origin of primary inoculum of Zymoseptoria tritici from differential adaptation of resident and immigrant populations to wheat cultivars. European Journal of Plant Pathology 145: 393-404. http://dx.doi.org/10.1007/s10658-015-0853-y [pdf]

 

Morais D, Sache I, Suffert F*, Laval V*. 2016. Is onset of Septoria tritici blotch epidemics related to local availability of ascospores? Plant Pathology 65: 250-260 http://dx.doi.org/ 10.1111/ppa.12408 [pdf] *contribution égale

2015

Suffert F, Ravigné V, Sache I. 2015. Seasonal changes drive short-term selection for fitness traits in the wheat pathogen Zymoseptoria tritici. Applied and Environmental Microbiology 81: 6367-6379 http://dx.doi.org/10.1128/AEM.00529-15 [pdf]

 

Siou D, Gélisse S, Laval V, Suffert F, Lannou C. 2015. Mutual exclusion between fungal species of the FHB complex in a wheat spike. Applied and Environmental Microbiology 81: 4682-4689. http://dx.doi.org/10.1128/AEM.00525-15 [pdf]

 

Morais D, Laval V, Sache I, Suffert F. 2015. Comparative pathogenicity of sexual and asexual spores of Zymoseptoria tritici (Septoria tritici blotch) on wheat leaves. Plant Pathology 64: 1429–1439 http://dx.doi.org/10.1111/ppa.12372 [pdf]

 

Siou D, Gélisse S, Laval V, Repinçay C, Bourdat-Deschamps M, Suffert F, Lannou C. 2015. Interactions between head blight pathogens: consequences on disease development and toxins production in wheat spikes. Applied and Environmental Microbiology 81: 957-965 http://dx.doi.org/10.1128/aem.02879-14 [pdf]

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Reynaud P, Le Fay-Souloy C, Moignot B, Suffert F. 2012. The European PLANTFOODSEC project: Framework for a national approach to analyse and prioritise plant health risks. EuroReference 7: 32-35 [pdf]

 

Ben Slimane R, Bancal P, Suffert F, Bancal M-O. 2012. Localized septoria leaf blotch lesions in winter wheat flag leaf do not accelerate apical senescence during necrotrophic stage. Journal of PlantPathology 94: 543-553 http://dx.doi.org/10.4454/JPP.FA.2012.055 [pdf]

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2008

Suffert F, Barbier M, Sache I, Latxague E. 2008. Biosécurité des cultures et agroterrorisme. Une menace, des questions scientifiques et une opportunité : réactiver un dispositif d’épidémiovigilance. Le Courrier de l'Environnement 56: 67-86 [pdf]

 

Suffert F, Lucas JM. 2008. Lateral roots of carrot have a low impact on alloinfections involved in a cavity spot epidemic caused by Pythium violae. Journal of General Plant Pathology 74: 296-301 http://dx.doi.org/10.1007/s10327-008-0104-6 [pdf]

 

Suffert F, Delalande D, Prunier M, Andrivon D. 2008. Modulation of primary and secondary infections in epidemics of carrot cavity spot through agronomic management practices. Plant Pathology 57: 109-121 http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-3059.2007.01708.x [pdf]

 

Suffert F, Montfort F. 2008. Pathometric relationships reveal epidemiological processes involved in carrot cavity spot epidemics. European Journal of Plant Pathology 122: 425-436 http://dx.doi.org/10.1007/s10658-008-9309-y [pdf]

2007

Suffert F. 2007. Cavity spot de la carotte, l’épidémiologie appliquée à la gestion des risques parasitaires. Comprendre et modéliser les mécanismes d’une maladie d’origine tellurique dans une perspective de protection intégrée. Phytoma 601: 36-40 [pdf]

 

Latxague E, Sache I, Pinon J, Andrivon D, Barbier M, Suffert F. 2007. A methodology for assessing the risk posed by the deliberate and harmful use of plant pathogens in Europe. EPPO Bulletin 37: 427-435 http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2338.2007.01118.x [pdf]

 

Desprez-Loustau ML, Robin C, Buée M, Courtecuisse R, Garbaye J, Suffert F, Sache I, Rizzo D. 2007. The fungal dimension of biological invasions. Trends in Ecology and Evolution 22: 472-480 http://dx.doi.org/10.1016/j.tree.2007.04.005 [pdf]

 

Suffert F, Montfort F. 2007. Demonstration of secondary infection by Pythium violae in epidemics of carrot cavity spot using root transplantation as method of soil infestation. Plant Pathology 56: 588-594 http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-3059.2007.01566.x [pdf]

 

Suffert F. 2007. Kinetics modelling of the carrot cavity spot caused by a complex of pathogens of the genus Pythium dominated by Pythium violaeCanadian Journal of Plant Pathology 29: 41-55 http://dx.doi.org/10.1080/07060660709507436 [pdf]

 

Suffert F, Guibert M. 2007. The ecology of a Pythium community in relation to the epidemiology of carrot cavity spot. Applied Soil Ecology 35: 488-501 http://dx.doi.org/10.1016/j.apsoil.2006.10.003 [pdf]

2005

Suffert F. 2005. A theoretical approach to the 'complementation' notion concerning strategies of crop protection. Phytoprotection 86: 89-92 http://dx.doi.org/10.7202/012509ar [pdf]

2003

Suffert F. 2003. L'utilisation volontaire d'agents phytopathogènes contre les cultures. Phytoma 563: 8-12 [pdf]

2002

Suffert F. 2002. L'épidémiologie végétale, nouvelle discipline de guerre ? Lumière sur le bioterrorisme agricole, un enjeu émergent pour la recherche agronomique. Le Courrier de l'Environnement 47: 57-69 [pdf]

Encadrement de thèses

Cécilia Fontyn

(2018-2022 ; directeur)

"L’agressivité est-elle une composante significative de l’adaptation au paysage variétal cultivé des populations de Puccinia triticina, agent de la rouille brune du blé ?" (ED ABIES) [résumé] [publication #1] [publication#2] [prix de la thèse la plus prometteuse 'Phloème2022'] 

Carolina Orellana-Torrejon

(2018-2022 ; co-directeur)

"Impact d’associations variétales de blé tendre sur la dynamique annuelle d’adaptation d’une population de Zymoseptoria tritici à un gène de résistance qualitative récemment contourné" (ED ABIES) [résumé & pdf] [publication #1#2#3] [prix BSPP du meilleur article étudiant 2022]

Safa Ben Krima

(2017-2020 ; co-encadrant)

"Adaptation des champignons phytopathogènes à des peuplements génétiquement hétérogènes : cas du pathosystème blé dur-Zymoseptoria tritici" [résumé] (ED SEVE) [publication #1]

Anne-Lise Boixel

(2015-2020 ; co-directeur)

"L’hétérogénéité environnementale, un moteur de l’adaptation à la température des populations d’agents phytopathogènes foliaires ?" (ED ABIES) [résumé & pdf] [publication #1, #2] [prix médaille d’argent Dufrenoy de l’Académie d'Agriculture]

Lydie Kerdraon

(2015-2019 ; directeur)

"Diversité microbienne et interactions pathogène-microbiome dans les résidus de culture : le cas de Zymoseptoria tritici et Leptosphaeria maculans en système blé-colza" (ED ABIES) [résumé & pdf] [publication #1, #2, #3, #4, #5]

David Morais

(2011-2015 ; co-encadrant)

"Les déterminants des phases épidémiques précoces de la septoriose du blé (Zymoseptoria tritici) : quantité, efficacité et origine de l'inoculum primaire" (ED ABIES) [résumé & pdf] [publication #1, #2, #3, #4]

Frédéric Bernard

(2009-2012 ; co-encadrant)

"Le développement d'un champignon pathogène foliaire réagit à la température. Mais à quelle température ?" (ED ABIES) [résumé & pdf] [publication #1#2]