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Dernière mise à jour : Mai 2021

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BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes

Le réseau R-Syst

logo rsyst

R-syst est un réseau de systématique. L'ensemble de la biologie, est depuis 150 ans bâti sur les concepts de la biologie évolutive. La systématique a pour objet de dénombrer et classer les êtres vivants et ainsi de nommer la diversité. Les organismes sont décrits et regroupés en entités appelées taxons et ces taxons ont peu à peu été placés sur l'arbre phylogénétique du vivant (Tree of Life). Depuis plusieurs siècles, les taxonomistes ont construit cet édifice à partir de critères phénotypiques, principalement morphologiques. Les avancées technologiques et l'étude des génomes des organismes, ont permis une autre approche de la taxonomie. Ainsi la diversité moléculaire des génomes des organismes est un indicateur potentiel non seulement de leurs évolutions, mais également de leur classification taxonomique.

Une activité cruciale de la taxonomie actuelle est de concilier les périmètres des taxons construits sur une base morphologique, et une filiation construite selon un arbre phylogénétique. Cependant, le savoir-faire pour nommer et classer les organismes vivants ne peut être que fractionné en un très grand nombre d'experts, car il existe plusieurs dizaines de millions d'espèces, et le défi de pouvoir rapidement nommer un organisme est immense.

A cette fin, plusieurs laboratoires de l'Institut National de Recherches Agronomique se sont réunis en un projet, appelé R-Syst (pour Réseau de Systématique), pour rendre accessible à l'ensemble de la communauté scientifique les informations collectées sur les aspects systématiques, phénotypiques et génotypiques des organismes qu'ils étudient, et favoriser une mise en relation de ces différents types d'information. Ces organismes appartiennent à une grande diversité de règnes, et comportent par exemple des bactéries phytophages, des micro-algues d'eau douce, des champignons, des oomycètes, des plantes, et des invertébrés (insectes, nématodes).

R-SYST est un réseau national qui relie des équipes de recherche (de deux départements INRA : SPE et EFPA) qui sont impliquées dans la caractérisation moléculaire et morphologique d'organismes. Ces équipes sont composées de techniciens, chercheurs et ingénieurs dans les domaines de la biologie moléculaire, génétique et bioinformatique.

L'ambition de ce réseau est de développer un dictionnaire entre les variabilités génétiques et phénotypiques, permettant une meilleure caractérisation de ces organismes. L'objectif est de développer un outil informatique permettant d'identifier les espèces de groupes d'organismes d'intérêt pour l'INRA (arbres, insectes, nématodes, champignons, oomycètes, micro-algues et bactéries). Son développement s'appuie sur un réseau de compétences en taxonomie, biologie moléculaire et bioinformatique.

L’objectif final est donc d’obtenir un outil accessible par tous (via Internet) qui sera composé ainsi :

  • d'une banque de données "R-Syst::database" constituée de plusieurs bases de données (une par taxon) regroupant les organismes vivants étudiés par l’INRA, répertoriés par fiches détaillées (spécimen, nom espèce, séquence ADN permettant de l’identifier). La construction de cette base de données s’appuie sur un réseau de laboratoires de l’INRA et d’autres établissements qui entretiennent des collections d’organismes servant de références pour les identifications.
  • d’un moteur de recherche détaillé pour interroger ces bases de données ()
  • d'outils d'assignation d'espèces

Cet outil pourra avoir diverses applications : gestion de la biodiversité, surveillance des bioagresseurs, qualité des eaux, identification d'organismes d'intérêt médical ou vétérinaire.