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Dernière mise à jour : Mai 2021

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BIOGER

BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes

Projet de recherche

Au sein de l'unité BIOGER les activités R-Syst concernent :

L'identification moléculaire des champignons microscopique et plus particulièrement pathogènes des plantes de grande culture

Les champignons se distinguent des autres eucaryotes par l'insuffisance de caractères morphologiques permettant de bien discriminer les différentes espèces. Cette situation est illustrée par l'existence d'espèces fongiques cryptiques qui n'ont été mises en évidence qu'à l'aide d'outils moléculaires et par la classification erronée d'espèces sur la base de critères morphologiques des formes asexuées. Nous travaillons sur l'utilisation de marqueurs moléculaires (bar coding et gènes taxonomiquement fiables) pour classer les espèces fongiques étudiées, et identifier de nouvelles espèces. Nos études concernent plus particulièrement les champignons phytopathogènes de grandes cultures. Ces études visent en particulier à faciliter les expériences de dénombrement taxonomique à l'aide des outils de la métagénomique.

Grace à ces études, nous implémentons la base de données R-syst::fungi.

Le diagnostic

Bien que cette activité soit en diminution, nous nous intéressons au diagnostic. En utilisant la connaissance de gènes fiable taxonomiquement, nous développons des outils de diagnostic classiques (PCR, PCR en temps réel) spécifiques d’espèces, dans le cadre de projets de recherche (ANR Don&Co, CTPS SeptoDUR, CASDAR tritisafe ) et ceci afin d'améliorer la détection qualitative et quantitative des champignons phytopathogènes de maladies récurrentes et connues. Nous avons également utilisé la technique de metabarcoding afin de détecter simultanément et sans a priori différentes espèces de Fusarium. La détection de maladies émergentes ou invasives pourrait être également envisagée via ce type d’outil.

Nous nous sommes intéressés également au diagnostic dans un sens plus général avec le projet du métaprogramme smach "Lycovitis". Lycovitis est un outil informatique d’agrégation de connaissances. Il s’articule autour d’une base de données morphologiques et moléculaires et d’une interface web didactique dédiée à la reconnaissance des maladies par l’image.

Les collections de champignons filamenteux

Les collections, sont alimentées par des spécialistes et peuvent regrouper des souches collectées sur un laps de temps pouvant couvrir des décennies. Les souches et les informations les décrivant, constituent une base de travail importante pour la recherche qui reflète la biodiversité à un moment donné. La collecte, l'isolement, la purification, l'identification, la mise en collection et l’étude des caractéristiques de chaque souche peut être le résultat de plusieurs projets de recherche. La collection, une fois constituée nécessite alors un entretien et une gestion rigoureuse même si elle n’est pas référencée selon des normes de qualité, tels que peuvent être les CIRM (Centre de International de Ressources Microbiennes). Nous nous intéresserons à ces divers aspects : mise en collection, gestion et conservation.