La seule alternative crédible aux stratégies actuelles de protection des grandes cultures contre les maladies cryptogamiques (utilisation de fongicides ; introgression de gènes de résistance majeurs trop rapidement contournés) est une meilleure utilisation des résistances variétales. Le choix socio-politique d'aller vers des systèmes agricoles moins dépendant des pesticides, combiné à la perte d’efficacité de certains fongicides (généralisation de résistances), confirme la nécessité d'optimiser la mise en oeuvre de la "lutte génétique". Les méthodes de biocontrôle, actuellement non opérationnelles en systèmes de grandes cultures, ne pourront à elles-seules maintenir l'impact des maladies sous des seuils acceptables par les producteurs et les consommateurs.

Le projet de recherche de notre équipe s'inscrit dans une approche agro-écologique de l'agriculture, caractérisée par l’application de concepts de l’écologie scientifique à la gestion durable des agrosystèmes. Il porte sur un enjeu central et fédérateur : caractériser les interactions entre les populations pathogènes, les peuplements hôtes et les conditions environnementales, afin d'améliorer l'efficacité et la durabilité des résistances du blé à la rouille brune, la rouille jaune et la septoriose à différentes échelles d'espace (gène, plante, parcelle, paysage) et de temps (périodes intra- et inter-épidémique).

Nous partons du principe que les stratégies de déploiement des résistances variétales les plus efficaces et les plus durables reposent sur des peuplements hôtes hétérogènes à différentes échelles : plante (pyramidage de sources de résistance dans une même variété), parcelle (associations variétales, variétés populations) et paysage (alternance de variétés dans le temps et l'espace). Nous cherchons à tester la validité de ce principe dans différentes situations, en collaboration avec des partenaires académiques et des acteurs de filières professionnelles, en analysant comment différents types d'hétérogénéité peuvent ralentir l'évolution des populations pathogènes. La nécessité d'intégrer plusieurs processus dynamiques à différentes échelles spatio-temporelles (ex. dispersion, survie, sélection) justifie pour cela de combiner approches expérimentales et modélisation.

Nos activités de recherche s'articulent autour de quatre axes stratégiques :

Axe 1

Adaptation multi-échelles de l'agent pathogène à sa plante hôte : spécialisation d'hôte et réponse aux résistances qualitatives et quantitatives

Axe 2 

Réponses adaptatives des agents pathogènes à leur environnement abiotique : de l'échelle individuelle à l'échelle populationnelle

Axe 3 

Processus épidémiologiques centrés sur l'inoculum: impact de la période inter-épidémique sur la dynamique adaptative des populations pathogènes

Axe 4 

Gestion durable des résistances variétales : de l'identification de solutions agro-écologiques à l'évaluation de stratégies de déploiement multi-échelles