Les activités de l'équipe sont centrées sur l'épidémiologie végétale, une discipline qui étudie le développement des maladies au sein de peuplements végétaux. Ces maladies résultent de l'interaction entre une population d'agents pathogènes, un peuplement hôte, des conditions environnementales et des pratiques culturales. La compréhension de cette interaction complexe exige des compétences expérimentales et théoriques en pathologie végétale, génétique des populations, écologie, agronomie, biophysique, biostatistique et modélisation. Le large éventail de compétences et de collaborations développées par les scientifiques de l'équipe reflète cette pluridisciplinarité, qui est une des marques de fabrique de notre collectif.

Nous étudions trois des principales maladies fongiques du blé en Europe : la rouille brune (Puccinia triticina) et la rouille jaune (Puccinia striiformis) depuis la fin des années 1980, et la septoriose (Zymoseptoria tritici) depuis maintenant une dizaine d'années. A travers ces trois modèles biologiques nous abordons les questions génériques suivantes : "Comment les maladies se développent-elles à différentes échelles spatio-temporelles ?", "Quels traits d'histoire de vie de l'agent pathogène (virulence, agressivité, fitness) et quels facteurs externes (sensibilité de l'hôte, climat) influencent leur dynamique ?", "Quels sont les principes de gestion et les méthodes opérationnelles (meilleur déploiement des résistances variétales, gestion des sources d'inoculum) qui peuvent limiter efficacement et durablement leur impact ?"

L'enjeu de nos recherches est l'amélioration de l'efficacité des résistances variétales (ralentir le développement des épidémies et limiter les pertes) et de leur durabilité (ralentir l'évolution des populations pathogènes et prolonger l'utilisation de ces résistances). Les interactions entre les populations pathogènes, les peuplements hôtes et les conditions environnementales sont en grande partie déterminées par le mode de reproduction du champignon parasite (clonal pour Puccinia sp. vs sexuel pour Z. tritici) mais aussi par la pression sélective exercée par l'hôte (espèce et variété) et les conditions climatiques (ex. température). Les processus impliqués dans la dynamique adaptative des agents pathogènes sont souvent spécifiques des échelles temporelles et spatiales considérées : plante, parcelle, territoire. Les résistances qualitatives et quantitatives du blé peuvent être combinées à ces différentes échelles (pyramidage de gènes au sein d'une même variété, associations variétales dans une même parcelle, optimisation de leur déploiement dans l'espace et le temps à l'échelle d'un territoire).