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Dernière mise à jour : Mai 2021

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BIOGER

BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes

Contrats et collaborations

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La nature de nos contrats de recherche est diverse : projets européens H2020ANRCTPS-CasdarGNIS-FSOVMétaprogrammes INRAE. Depuis 2011 notre équipe a participé à plus de 30 projets internationaux et nationaux, dont 5 projets européens ("Pure", "PlantFoodSec", "Whealbi", "Emphasis", "RustWatch") et 6 projets ANR ("BreedWheat", "Gester", "Gandalf", "Wheatamix", "Mobidiv", "DEEP IMPACT"). Notre participation à des projets appliqués (8 CTPS-Casdar ou GNIS-FSOV) est récurrente, illustrant les liens étroits entre nos activités de recherche et les attentes de certaines entreprises (sélectionneurs, à l'exemple de Florimond DesprezRAGT 2NLimagrainSyngentaLemaire-DeffontainesBASF) et instituts techniques (ARVALIS-Institut du VégétalGEVES) de la filière céréalière. Notre équipe a par ailleurs bénéficié de financements thématiques INRAE dans le cadre des Métaprogrammes SMaCH/SuMCrop et ACCAF.

Nous entretenons des collaborations historiques fortes avec plusieurs unités de recherche INRAE : principalement EcoSys (Grignon) avec plusieurs projets doctoraux co-encadrés, BioSP (Avignon) et MaIAGE (Jouy), mais aussi GDEC (Clermont-Ferrand), IaM (Nancy) et IGEPP (Rennes) sur des projets et réseaux spécifiques. Nous développons également des collaborations internationales, par exemple avec l'Univeristé d'Aarhus et l'INAT de Tunis pour l'analyse des populations de Puccinia striiformis, l'Université de Wageningen pour l'analyse de la résistance quantitative hôte et non-hôte contre les rouilles, l'ETH de Zürich et l'Université de Neuchâtel pour l'épidémiologie et l'adaptation hôte-pathogène des populations de Zymoseptoria triticiRothamsted Research pour l'épidémiologie théorique, et Imperial College et Agroinnova-Université de Turin pour la biosécurité des cultures et l'analyse du risque phytosanitaire.

Nom du Projet

Sujet

Chef de projet / Principaux collaborateurs

Projets Internationaux

"RustFight" (Danemark, 2012-2017)

Relever les nouveaux défis posés par les champignons parasites responsables des rouilles des plantes cultivées

Claude de Vallaveille-Pope, Marc Leconte / Mogens Hovmøller (Aarhus University, DK)

"PHC Utique" France-Tunisie" (2012-2017)

Adaptation des souches invasives de Puccinia striiformis (rouille jaune) sur blé en Méditerranée et dans les zones tempérées

Claude de Vallaveille-Pope, Marc Leconte / Bochra Bahri (INAT, Tunis, TUN)

Projets Européens

"Pure" (FP7 EU KBBE, 2011-2014)

Réduction de l'utilisation des pesticides et des risques dans les systèmes agricoles européens grâce à la lutte intégrée contre les ravageurs des cultures

Claude de Vallaveille-Pope, Marc Leconte

"PlantFoodSec" (FP7 EU, 2011-2015)

Biosécurité végétale et alimentaire

Frédéric Suffert, Ivan Sache, David Morais / Maria Lodovica Gullino (Agroinnova-Universita di Torino, IT), John Mumford (Imperial College, London, UK), Marc Barbier (INRAE LISIS, Marne-la-Vallée, FR), Valérie Laval (BIOGER EPLM)

"Whealbi" (FP7 EU KBBE, 2014-2018)

Ressources du blé et de l'orge pour l'amélioration de la sélection

Thierry Marcel / Gilles Charmet (INRAE GDEC, Clermont-Ferrand, FR)

"Emphasis" (H2020 EU, 2015-2019)

Gestion efficace des ravageurs et des espèces exotiques nuisibles : vers des solutions intégrées

Frédéric Suffert, Lydie Kerdraon / Maria Lodovica Gullino (Agroinnova-Universita di Torino, IT), Martin Ward (EPPO, Paris, FR), Matthieu Barret (INRAE IRHS, Angers, FR), Valérie Laval, Mylène Balsesdent (BIOGER EPLM)

+ Alexei Mikaberidze, Peteri Karisto (ETH, Zürich, CHE)

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"RustWatch" (H2020 EU, 2018-2022)

Un système européen d'alerte rapide pour les rouilles du blé

Henriette Goyeau, Kevin Meyer, Anne-Lise Boixel, Marc Leconte, Cécilia Fontyn, Tiphaine Vidal, Frédéric Suffert, Thierry Marcel / Mogens Hovmøller (Aarhus University, DK)

Projets ANR

"BreedWheat" (ANR Biotechnologies, 2011-2019)

Développer de nouvelles variétés de blé pour une agriculture durable : une approche intégrée de la génomique à la sélection

Thierry Marcel / Catherine Feuillet, Jacques Le Gouis (GDEC, Clemront-Ferrand, FR)

"Gester" (ANR, 2012-2015)

Évaluation de scénarios pour la gestion territoriale des résistances variétales dans une perspective de durabilité

Henriette Goyeau, Christian Lannou / François Coléno (INRAE SAD-APT, Grignon, FR)

"Gandalf" (ANR Bioadapt, 2013-2017)

Génomique et adaptation de traits de vie des champignons impliqués dans les interactions avec leurs plantes hôtes

Thierry Marcel / François Delmotte (INRAE SAVE, Bordeaux, FR)

"Wheatamix" (ANR, 2013-2018)

Accroître la diversité génétique du blé à l'échelle de la parcelle pour renforcer la multifonctionnalité et la durabilité de la production dans le Bassin parisien

Claude de Vallaveille-Pope, Tiphaine Vidal / Jérome Enjalbert (INRAE GQE, Le Moulon, FR), Sébastien Saint-Jean (INRAE-AgroParisTech EcoSys, Grignon, FR)

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"MobiDiv" (PPR ANR, 2021-2026)

Mobiliser et sélectionner la diversité cultivée intra et inter-spécifique pour un changement systémique vers une agriculture sans pesticide

Tiphaine Vidal, Frédéric Suffert / Jérome Enjalbert (INRAE GQE, Le Moulon, FR), Sébastien Saint-Jean (INRAE-AgroParisTech EcoSys, Grignon, FR)

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"DEEP IMPACT" (PPR ANR, 2021-2026)

Analyse des interactions plante-microbiote pour promouvoir la défense des plantes aux bioagresseurs

Frédéric Suffert / Christophe MougelClaudia Bartoli (INRAE IGEPP, Rennes, FR) / Valérie Laval (BIOGER EPLM)

Projets LabEx

"SeptoVar" (LabEx BASC, 2014-2016)

Réponses de populations locales de Zymoseptoria tritici aux variations spatiales de deux facteurs majeurs - température et résistance variétale - et inférence de leur potentiel d'adaptation aux changements globaux

Frédéric Suffert, Anne-Lise Boixel / Michaël Chelle (INRAE EcoSys, Grignon, FR), Sylvain Pincebourde (CRNS IRBI, Tours, FR)

"ApiSmal" (LabEx BASC, 2016-2019)

Agro-écologie et instruments de politiques publiques pour des paysages agricoles multifonctionnels et durables

Frédéric Suffert, Florence Carpentier / Vincent Martinet (INRAE EcoPub, Grignon, FR)

Projets Casdar-FSOV

"Associations Variétales" (CTPS-Casdar, 2011-2013)

Concevoir des associations variétales de blé pour réduire la progression épidémique de la septoriose : approches théorique et expérimentale

Claude de Vallaveille-Pope / Sébastien Saint-Jean (INRAE-AgroParisTech EcoSys, Grignon, FR)

"SeptoDur" (CTPS-Casdar, 2013-2015)

Contribution à la durabilité de la lutte génétique et chimique contre la septoriose du blé dur par la caractérisation des populations du complexe pathogène

Lilian Gout / Romain Valade (ARVALIS-Institut du Végétal, Boigneville, FR)

"Duromal" (CTPS-Casdar, 2014-2017)

Résistance durable aux maladies foliaires du blé dur

Henriette Goyeau, Thierry Marcel / GIE Blé DurRomain Valade (ARVALIS-Institut du Végétal, Boigneville, FR)

"SeptoLin" (CTPS-Casdar, 2015-2018)

Étude épidémiologique du "Pasmo" appliquée à la caractérisation de la résistance variétale à Septoria linicola et ses effets sur le rendement et la qualité du lin

Frédéric Suffert, Lilian Gout / Romain Valade (ARVALIS-Institut du Végétal, Boigneville, FR), Annette Penaud (Terres Inovia, Grignon, FR)

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"Enduro" (CTPS-Casdar, 2020-2022)

Aide à la sélection de variétés de blé dur résistantes aux maladies pour l’agriculture conventionnelle et l’agriculture biologique

Thierry Marcel, Roula Shamsi, Emmie Dzialo / GIE Blé dur / Romain Valade (ARVALIS-Institut du Végétal, Boigneville, FR)

"Rouille Brune" (GNIS-FSOV, 2012-2015)

Résistance durable à la rouille brune du blé : génération d'un panel de QTLs cartographiés et diversifiés

Henriette Goyeau

"Rouille Jaune I" (GNIS-FSOV, 2012-2015)

Stabilité de la résistance du blé à la rouille jaune : complémentarité entre recherche, sélection et développement

Claude de Vallaveille-Pope, Marc Leconte

"Rouille Jaune II" (GNIS-FSOV, 2016-2019)

Recherche de sources de résistance durable à la rouille jaune dans le blé dur et le triticale

Claude de Vallaveille-Pope, Tiphaine Vidal, Marc Leconte

"MaBrune" (GNIS-FSOV, 2016-2019)

Identification de marqueurs diagnostiques de la résistance du blé tendre à la rouille brune

Henriette Goyeau, Thierry Marcel, Roula Shamsi

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"Persist" (GNIS-FSOV, 2018-2022)

Préserver et améliorer l'efficacité des gènes de résistance à la septoriose : le cas du gène Stb16q

Frédéric Suffert, Carolina Orellana-Torrejon / Cyrille Saintenac (INRAE GDEC, Clermont-Ferrand, FR), Gert Kema (WUR, Wageningen, NL), Anne Génissel, Marc-Henri Lebrun (BIOGER EGIP)

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"DivR" (GNIS-FSOV, 2018-2022)

Outils moléculaires pour la sélection d'une résistance diversifiée et efficace contre la septoriose du blé

Thierry Marcel, Gwilherm Gazeau / Daniel Croll (Université de Neuchâtel, CHE), Cyrille Saintenac (INRAE GDEC, Clermont-Ferrand, FR)

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"TritiRB" (GNIS-FSOV, 2018-2022)

Caractérisation des sources durables de résistance à la rouille brune chez le triticale

Anne-Lise Boixel, Henriette Goyeau / GIE Triticale

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"Durable" (GNIS-FSOV, 2020-2022)

Spécificité des résistances du blé dur aux maladies foliaires du blé : cartes, marqueurs et gènes

Thierry Marcel, Roula Shamsi / Cyrille Saintenac (INRAE GDEC, Clermont-Ferrand, FR) / GIE Blé dur / Romain Valade (ARVALIS-Institut du Végétal, Boigneville, FR)

Autres financements nationaux

"Tritisafe" (EcophytoPIC, DGAL, 2014-2017)

Caractérisation des champignons pathogènes responsables des nécroses foliaires du triticale et création d’idéotypes multi-résistants pour des semences de qualité et une agriculture durable

GIE Triticale (FR)

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"PheCollPhyt" (Dept Aviv, MNHN, 2021-2022)

Utilisation des phéromones de collemboles pour le contrôle des champignons phytopathogènes dans les cultures de blé

Frédéric Suffert / Thomas Bourgeois, Sandrine Salmon (MNHN, Paris, FR)

Soutiens de Fondations

"LU" (ANRT, Biodiversité-LU, 2011-2014)

Valoriser la biodiversité spécifique et variétale à l’échelle de la parcelle agricole pour limiter l’utilisation des intrants chimiques et leurs impacts

Claude de Vallaveille-Pope / Sébastien Saint-Jean (INRAE-AgroParisTech EcoSys, Grignon, FR)

"BCMicrobiome" (Biocontrol Consortium, 2018-2021)

Apprendre des réseaux microbiens à partir de données de métabarcodage : application à la lutte biologique

Frédéric Suffert / Corinne Vacher (INRAE BIOGECO, Bordeaux, FR) / Valérie Laval (BIOGER EPLM)

Projets INRAE

"BLADE" (IVD, 2016-2020)

Blés pour une agriculture durable et écologique

Thierry Marcel

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"BLADE2025" (IVD4, 2021-2025)

Blés pour une agriculture durable et écologique

Thierry Marcel, Frédéric Suffert / Jacques Le Gouis (GDEC, Clemront-Ferrand, FR)

"Fondu" (MP SMaCH, 2013-2017)

Stratégies territoriales d’utilisation durable des antifongiques

Florence Carpentier (INRAE MaIAGE,(CNRS CEBC) / Florence Carpentier (INRAE MaIAGE, Jouy, FR) / Anne-Sophie Walker (BIOGER AMAR)

"MoGeR" (MP SMaCH, 2017-2019)

Des connaissances à la modélisation : vers un outil de simulation convivial pour tester des scénarios de gestion des résistances variétales dans le cas du phoma du colza

Florence Carpentier (INRAE MaIAGE) / Mylène Balesdent (BIOGER EPLM)

"Espace" (MP SMaCH, 2017-2020)

Estimer les effets des variables paysagères sur les bioagresseurs et auxiliaires des cultures

Florence Carpentier (INRAE MaIAGE,(CNRS CEBC) / Florence Carpentier (INRAE MaIAGE, Jouy, FR)

"Educ.Net" (MP SMaCH, 2018-2020)

Maladies végétales émergentes sous l'effet du changement climatique - Un réseau de recherche pour évaluer les menaces mondiales qui pèsent sur le blé et s'y adapter

Frédéric Suffert, Anne-Lise Boixel / Serge Savary (INRAE AGIR, Castanet Tolosan, FR)

"Clif" (MP ACCAF, 2013-2016)

Impact du changement climatique sur les pathosystèmes fongiques : estimation des changements de maladies à l'aide de modèles et d'indicateurs, conception de stratégies d'adaptation et comblement de lacunes dans les connaissances clés

Claude de Vallaveille-Pope / Laurent Huber, Marie-Odile Bancal (INRAE-AgroParisTech EcoSys, Grignon, FR), Marie Launay (INRAE AgroClim, Avignon, FR)

"Stratageme" (SPE, 2018-2020)

Stratégies de gestion durable des fongicides : contribution de l'évolution expérimentale

Florence Carpentier (INRAE MaIAGE,(CNRS CEBC) / Florence Carpentier (INRAE MaIAGE, Jouy, FR) / Anne-Sophie Walker (BIOGER AMAR)

"Apôgé" (SPE, 2017-2019)

Adaptation de champignons phytopathogènes à des peuplements hôtes génétiquement hétérogènes

Thierry Marcel, Safa Ben Krima

"DICCOM" (MP SuMCrop, 2020-2021)

Diversification intraspécifique des cultures et contrôle des maladies

Thierry Marcel, Frédéric Suffert / Elisabeth Fournier (INRAE-CIRAD PHIM, Montpellier)

"INITIATE" (MP SuMCrop, 2020-2021)

Intégrer les interactions entre organismes pour mieux comprendre les déterminants des dynamiques spatio-temporelles de la biodiversité des agroécosystèmes

Anne-Lise Boixel, Florence Carpentier (INRAE MaIAGE, (CNRS CEBC) / Florence Carpentier (INRAE MaIAGE, Jouy, FR)

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"SEED" (MP SuMCrop, 2021-2022)

Incidence de la gestion des semences de blé dur par les agriculteurs tunisiens sur la durabilité du contrôle des maladies

Thierry Marcel, Frédéric Suffert / Mourad Hannachi (INRAE-SADAPT ACT)

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"Dynamo" (SPE project, 2022-2024)

Determinants of the epidemic dynamics of leaf and stripe rusts of wheat at the landscape scale in the Plaine & Val de Sèvre "Zone Atelier"

Tiphaine Vidal, Anne-Lise Boixel / Sabrina Gaba (CNRS CEBC, Chizé, FR) / Florence Carpentier (INRAE MaIAGE) / Julien Papaïx (INRAE BioSP, Avignon, FR)

Privé

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"VISA" (BASF, 2019-2022)

Quel est le lien entre la résistance aux fongicides et l'agressivité cultivar-dépendante chez Zymoseptoria tritici ?

Reda Amezrou, Thierry Marcel, Gwilherm Gazeau, Frédéric Suffert / Anne-Sophie Walker, Sabine Fillinger (BIOGER AMAR)