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Dernière mise à jour : Mai 2018

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BIOGER

BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes

Soutenance de thèse - 9 décembre

Soutenance de thèse - 9 décembre
Alex Mercier - "Déterminants génomiques de la spécialisation à l’hôte chez le champignon phytopathogène polyphage Botrytis cinerea."

Alex Mercier soutiendra sa thèse le lundi 9 décembre 2019. Elle commencera à 13h30, dans la grande salle de réunion de BIOGER.

Titre : Déterminants génomiques de la spécialisation à l’hôte chez le champignon phytopathogène polyphage Botrytis cinerea.

Résumé : Les champignons phytopathogènes sont des parasites majeurs des espèces végétales, autant naturelles que domestiquées. Botrytis cinerea, l’agent de la pourriture grise, en infecte plus de 1400 et est ainsi considéré comme un pathogène généraliste. Pourtant, des données récentes ont mis en évidence une structure des populations liée à leur hôte d’origine. Cette observation soulève l’hypothèse d’une spécialisation à l’hôte, à l’œuvre chez une espèce généraliste. Ce modèle d’étude pourrait permettre de faire avancer la connaissance des mécanismes évolutifs en jeu dans la divergence précoce des populations et la formation de nouvelles espèces fongiques. Cette thèse de doctorat a pour objectifs : (i) de démontrer formellement la spécialisation à l’hôte dans les populations de B. cinerea et d’en déterminer la magnitude et (ii) d’identifier les déterminants génomiques de cette spécialisation. Ainsi j’ai étudié la structure des populations par l’analyse de microsatellites d’un échantillon de 683 isolats, que nous avons corrélé à des tests de pathogénicité croisés sur différents hôtes. Ces travaux ont permis de mettre en évidence la spécialisation de B. cinerea aux hôtes tomate et vigne. En complément de ces lignées sélectionnées, l’espère Botrytis cinerea est constituée d’individus généralistes capables de coloniser les autres hôtes. Des méthodes d’inférence de structure et de généalogies sur des données de polymorphisme issues du séquençage de 32 individus nous ont permis de mieux définir la structure des populations ainsi que d’identifier une lignée spécialisée à la tomate. Enfin, des tests de McDonald-Kreitman et des méthodes de scans génomiques pour détecter des balayages sélectifs ont permis de mettre en évidence des gènes soumis à la sélection divergente entre les populations spécialisées, révélant de possibles déterminants de cette spécialisation. Ces travaux sont ainsi une base pour la validation de plusieurs gènes potentiellement impliqués dans la pathogénicité hôte-spécifique de B. cinerea, et ouvrent la voie à des améliorations de la gestion du réservoir d’hôtes et des pratiques culturales contre la pourriture grise.

Mots clés : Génomique, spécialisation, champignon phytopathogène, polyphagie, nécrotrophie, évolution.

 

Jury :

Sylvain Raffaele (DR INRA LIPM, rapporteur),
Marie Foulongne-Oriol (CR INRA MycSA, rapportrice),
Christel Leyronas (IR INRA Pathologie Végétale, examinatrice),
Philippe Silar (PR Université Paris Diderot LIED, examinateur),
Jacqui Shykoff (DR CNRS ESE, examinatrice),
Pierre Gladieux (CR INRA BGPI, co-directeur),
Muriel Viaud (DR INRA BIOGER, co-directrice) et
Anne-Sophie Walker (IR INRA BIOGER, co-directrice)