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Dernière mise à jour : Mai 2018

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BIOGER

BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture - Champignons Pathogènes des Plantes

Soutenance de thèse - 16 décembre

Soutenance de thèse - 16 décembre
Maxime Garnault - "Étude de l’évolution des résistances aux fongicides chez Zymoseptoria tritici, agent de la septoriose du blé, et quantification multi-échelle de ses déterminants"

Maxime Garnault soutiendra sa thèse le 16 décembre à 13h30 au 19 avenue du Maine à Paris (Amphi7 à l'entrée du bâtiment).

Titre : Étude de l’évolution des résistances aux fongicides chez Zymoseptoria tritici, agent de la septoriose du blé, et quantification multi-échelle de ses déterminants.

Résumé : La septoriose (Zymoseptoria tritici) est un champignon pathogène majeur sur blé, qui peut provoquer des pertes de rendement pouvant aller jusqu'à 50 % du rendement. Aujourd'hui, le contrôle de ce pathogène repose en grande partie sur la lutte chimique. La durabilité des fongicides anti-septoriose est cependant menacée par l’émergence de mutants résistants dans les population, amenant parfois à l'augmentation des doses et/ou du nombre de traitement pour maintenir un même seuil de protection. La gestion des résistances apparaît ainsi nécessaire à la réduction de l’utilisation des pesticides en agriculture, s’inscrivant dans la vision d’une agriculture plus durab​le.

Le réseau Performance (Arvalis-INRA) a été créer en 2004. En 2017, il recueillait des informations de 1007 essais blé répartis partout en France. Chaque année, ces essais avaient pour objectif de tester l’efficacité de traitements fongicides anti-septoriose et leur capacité à gérer les résistances. Dans cette thèse, nous avons décidé d’analyser ces données dans leur globalité à l'aide d'outils statistiques, en abordant la question des déterminants de l’évolution des résistances à l’échelle de la région et de la parcelle.

Dans un premier temps, nous avons mis en évidence et quantifié l’hétérogénéité de la sélection de résistances à 3 modes d’action fongicides, à l’échelle régionale. L’estimation de taux de croissance a montré que les différentes résistances évoluaient à des vitesses significativement différentes. Nous avons montré que la résistance pouvait évoluer de manière inégale au sein d’un territoire et segmenter l’espace selon la nature et la fréquence des résistances. Dans un second temps, nous avons expliqué ces hétérogénéités par trois facteurs considérés à l'échelle régionale : (i) la pression de sélection, (ii) les refuges et (iii) la taille de population du pathogène. Nous avons montré que la pression de sélection (i.e. l’utilisation des fongicides anti-septoriose) avait un poids prépondérant dans l'explication de la variabilité observée. Enfin, à l'échelle de la parcelle, nous avons étudié, l’effet du mélange et de la réduction de la dose de fongicide sur la sélection, qui sont deux stratégies de lutte anti-résistance couramment utilisées par les agriculteurs. Nous avons montré que la sélection est ralentie par la diversité des fongicides utilisés, ainsi que par la diminution des quantités appliquées.

En conclusion, ces travaux ont permis de décrire, quantifier et produire un cadre de référence pour étudier l’évolution des résistances à grande échelle, et de comparer la durabilité de deux stratégies majeures d’utilisation des fongicides à l’échelle de la parcelle. Les méthodes développées ne sont pas spécifiques à l’étude de Z. tritici et les résultats obtenus pourront servir d’appui à l’amélioration de la prédiction de l’évolution des résistances, indispensable pour contribuer au changement des pratiques de lutte chimique en agriculture.

Mots clés : Stratégie anti-résistance, Modélisation, Statistiques, Dynamique spatiotemporelle, Durabilité​.

Jury : Anne Legrève (PR UC Louvain, rapporteure)
Michael Shaw (PR University of Reading, rapporteur)
Eric Parent (ICPEF AgroParisTech, examinateur)
Christian Lannou (DR INRA SPE, directeur de thèse)
Invités : Clarisse Payet (Responsable Technique BAYER)
Gilles Couleaud (Ingénieur ARVALIS)
Claude Maumene (Ingénieur ARVALIS)
Anne-Sophie Walker (IR INRA BIOGER, co-encadrante)
Florence Carpentier (MC AgroParisTech, co-encadrante)
Olivier David (CR INRA MaIAGE, co-encadrant)